28 septiembre, 2021

Lanzan proceso de bioinformática para detección de variantes SARS-CoV-2 en aguas residuales

REDACCIÓN
THE BAJA POST
FUENTE: PR Newswire

Zymo Research lanzó el código fuente del proceso de bioinformática VirSieve™ a la comunidad de microbiología ambiental para promover la colaboración global y el apoyo en la detección de variantes del SARS-CoV-2 en aguas residuales. VirSieve™ es un proceso computacional automatizado que analiza la secuenciación de las lecturas del virus SARS-CoV-2 en muestras de aguas residuales para comprender mejor las variantes virales presentes en las comunidades monitoreadas. Al clasificar el intervalo de confianza en las mutaciones virales observadas, el software tiene el potencial de aumentar significativamente la precisión en los análisis de cualquier cambio en el material genético viral.

Según los Centros de Control y Prevención de Enfermedades, aunque la implementación de vacunas ha tenido un enorme impacto positivo en la curva de la pandemia del SARS-CoV-2 en los Estados Unidos, siguen apareciendo nuevas cepas del virus. Algunas de estas cepas, por ejemplo la B.1.1.7, se clasifican como «variantes de interés» debido a la evidencia de una mayor propagación, patogenicidad o evasión de la vacuna. La secuenciación de última generación de aguas residuales está surgiendo como la solución más viable para la vigilancia comunitaria casi en tiempo real.

La secuenciación viral de las aguas residuales es difícil debido a la fragmentación y degradación del ARN viral, lo que a menudo da lugar a errores de secuenciación que en última instancia se manifiestan como mutaciones falsas. VirSieve™ puede identificar estas falsas variantes y marcarlas como de poca o ninguna confianza, lo que les permite a los investigadores filtrar mutaciones con un mayor grado de respaldo. Zymo Research también ofrece DNA/RNA Shield™, un reactivo que protege el ARN viral de una mayor degradación después de la inactivación de cualquier virus, para una recolección y transporte de muestras de aguas residuales seguros a temperatura ambiente.

«Zymo Research ha desarrollado previamente herramientas de software público como el programa Zymo Research Transmit, un cliente de código abierto para presentar los resultados de las pruebas de COVID-19 a través del sistema de informes de salud pública CalREDIE», afirmó el Dr. Michael Weinstein, director de Sistemas de Información de Laboratorio, y líder del proyecto VirSieve™ Pipeline de Zymo Research. «VirSieve™ forma parte del trabajo continuo de Zymo Research para ofrecer el máximo apoyo a las iniciativas de respuesta ante la pandemia en todo el mundo. Creemos que VirSieve™ tiene el potencial de ser utilizada no solo para rastrear cepas variantes del virus SARS-CoV-2 en aguas residuales, sino también otros virus, para futuros esfuerzos de salud pública».

«Obtener variantes precisas de muestras clínicas o alcantarillados es clave para la colocación adecuada de una cepa viral en el contexto de todas las otras variantes virales e informar los esfuerzos de seguimiento de patógenos», comentó el Dr. Christopher Mason, que es un orador remunerado de Zymo Research y es codirector del WorldQuant Institute for Quantity Prediction y profesor de fisiología y biofísica de Weill Cornell Medicine.

Para obtener más información acerca del proceso de VirSieve™ visite el sitio web de Zymo Research o contáctese con ellos vía correo electrónico en tech@zymoresearch.com.

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